يتيح برنامج الماجستير للعلاج الطبيعي بتخصصاته الخمسة الفرصة للطالب لمواصلة تعليمه للحصول على درجة الدكتوراه من اي من الجامعات العالمية الي تدرس العلاج الطبيعي، ويمكن للطالب في العديد من المجالات ولاسيما منها التخصصات الاتية: العلاج الطبيعي لأمراض العظام او الاعصاب او القلب والرئة او الأطفال او الشيخوخة.

يقوم الطلبة في الفصلين الاول والثاني من  السنة الأولى  في برنامج الماجستير بإنهاء دراسة المساقات العلمية التخصصية جنبا الى جنب مع  مساقات البحث العلمي والاحصاء والكتابة الاكاديمية الممهدة لإعداد مشروع البحث الذي يختاره الطالب لتخصصه العلمي الدقيق في العلاج الطبيعي ضمن مساق  رسالة 1، ومن ثم يقوم بتنفيذ ذلك المشروع البحثي في مساق رسالة2 وبما يتضمنه ذلك من جمع البيانات ميدانيا وتجريبيا وتحليلها ومناقشتها وتوثيق وعرض نتائجها ومناقشتها العلنية امام لجنة امتحانية متخصصة وبمشاركة زملاء الطلبة ودعوة المؤسسات السريرية والاكاديمية ذات العلاقة وبحضور اهالي الطلبة والجمهور عامة. وكثيرا ما يتم نشر التقرير البحثي لرسالة الطالب بالتعاون مع مشرفه الأكاديمي في مجلات علمية وعالمية محكمة.

هناك اتفاقية مبرمة للتبادل الطلابي وتبادل الأساتذة مع جامعة جوتنبرج في السويد وجامعة ...في الدنمارك، وقد حصل في السنوات الاخيرة الكثير من المشاركات للطلبة والاساتذة على حد سواء في برامج التبادل مع تلك الجامعات