انضم الدكتور محمد أبو يونس إلى كلية طب الأسنان في جامعة القدس في مراحل تأسيسها الأولى في العام 2003م، وعمل أستاذاً في قسم جراحة الوجه والفكين، وتسلّم مهام إدارة العيادات ورئاسة قسم الجراحة في الكلية لمدة خمسة أعوام، ليعمل مساعدًا للعميد في العام 2008، وتم استلامه لمنصب عميد الكلية في الدورة 2009-2012م، وبعد ذلك تم تعيينه عضوًا في الأمانة العامة لهيئة مجالس الجامعة من العام 2013-2017، إلى أن تم تكليفه بعمادة الكلية في العام 2017 للدورة الحالية.
شارك الدكتور أبو يونس في إعداد خطة كلية طب الأسنان وتخريج الفوج الأول من طلبتها وكانت له مساهمات واضحة في معظم المشاريع التطورية في الكلية إضافة إلى توسيع علاقاتها مع المؤسسات الأكاديمية والمهنية المحلية والعالمية ذات العلاقة.
شارك د. أبو يونس في تأسيس وتنظيم عمل المجلس الطبي الفلسطيني من خلال عضويته الفاعلة في العديد من لجانه الفنية لمدة تزيد عن أربعة عشر عامًا، عمل خلالها عضوًا في هيئة المجلس، ونائبًا لرئيس اللجنة العلمية العليا، ورئيسًا للجنة العلمية المتخصصة لجراحة الوجه والفكين وعضوًا في لجنة الإشراف على امتحان أطباء الامتياز وعضوًا في لجنة تقييم المستشفيات ولجنة تقييم مراكز الأسنان لأغراض الاختصاص، ولجنة طب الامتياز وغيرها من اللجان الفنية في المجلس.
في العام 2014 تم تعيين الدكتور ابو يونس عضوا في اللجنة الفنية الطبية لمعادلة الشهادات العليا في وزارة التعليم العالي الفلسطينية في العام 2017 تم انتخاب د. محمد أبو يونس عضوًا في لجنة الامتحانات الدائمة للمجلس الطبي العربي في اختصاص جراحة الوجه والفكين كممثل لجامعة القدس ودولة فلسطين.
للدكتور أبو يونس مشاركات متعددة خلال العقدين الماضيين في فعاليات ونشاطات ومؤتمرات النقابة الفلسطينية والأردنية، وقدم العديد من المحاضرات والمشاركات العلمية فيها إضافة إلى توليه منصبي أمين سر ونائب رئيس جمعية جراحي الوجه والفكين الفلسطينية بين الأعوام 2008-2013م. وكذلك نائبًا لرئيس جمعية الشفة الأرنبية في الأعوام 2013-2015م.
يقوم الدكتور أبو يونس، ومن خلال عمله كأستاذ مشارك في قسم جراحة الوجه والفكين بتدريس مساقات متعددة كالتخدير، والجراحة، وطب الفم، والمشكلات الطبية لطلبة طب الأسنان. وفي مجال البحث العلمي، فهناك أكثر من عشرة أوراق علمية متخصصة منشورة للدكتور أبو يونس، ويعمل على نشر خمس أوراق علمية جديدة في حقول الجراحة وطب الفم وزراعة الأسنان، اضافة الى اختيار الدكتور ابو يونس لعضوية هيئات تحرير لمجلات علمية متخصصة محليا وعالميا.